کتاب زمزم عرفان با محوریت یادنامه ای درباره این مرجع و عارف بزرگوار تالیف و تدوین شده است و محمد محمدی ری شهری در مقدمه کتاب، درباره روند شکل گیری این مجموعه نوشته است: «واگذار شدن نمایندگی رهبری در حج در اوایل سال 1370، ایجاب میکرد که برای بهرهگیری هر چه بیشتر از مراسم سیاسی ـ عبادیِ حج و برگزاری هر چه بهتر آن، از انفاس قدسی آیت الله بهجت، در این سفر، توشه برگیرم، بدین منظور از آن تاریخ، هر ساله پیش از عزیمت به سوی خانه خدا و پس از بازگشت از سفر، معمولاً به محضر ایشان شرفیاب میشدم و از رهنمودهای ایشان در زمینههای مختلف، بهره میبردم.»به گفته وی در دیدارهایی با آن عالم برجسته،ایشان مطالب متنوّعی را درباره قرآن، حدیث، فقه، اصول، اخلاق، عرفان، کشف و کرامات علمای سلف، حج و سرپرستی حجّاج، امام خمینی(ره) و انقلاب اسلامی و برخی امور سیاسی بیان میفرمود.

ری شهری اضافه می کند: ایشان همچنین گاه رهنمودهای خاصی درباره برخی اذکار و اعمال داشتند، که این جانب، شماری از برجستهترین مطالب ایشان را، گاه در محضر ایشان و گاهی پس از آن، یادداشت میکردم. مجموعه این یادداشتها در قالب این کتاب برای بهرهگیری بهتر علاقمندان به این مباحث، در چهار بخش جمع بندی رهنمودها، گفتگو با فرزند ایشان، متن یادداشت های مولف و شرح حال مختصری از کسانی که نامش در کتاب آورده شده، تدوین شده است وعلاقمندان می توانند با بهره گیری و الگوبرداری از این کتاب خود را به آن الگوی کامل نزدیک کنند.

بنابر این گزارش بخش اول کتاب متشکل از 10 فصل قرآن، فقه و اصول، ارزش های اخلاقی و عملی، فلسفه و عرفان، کشف و کرامات، حج و سرپرستی حجّاج، امام خمینی و انقلاب اسلامی، سیاست و رهنمودهای ویژه است.

همچنین در بخش دوم نیز، متن یادداشتهای مؤلف از سخنان ایشان، در طول سالهای 1370 تا 1387 و در بخش چهارم نیز شرح حال مختصری از قالب کسانی که در متن کتاب، ازآنها یاد شده، ارائه شده است. ارائه زندگی نامه مختصری از آیت الله بهجت(ره) از دیگر بخش های این کتاب است.

این کتاب از چهار بخش تشکیل شده است:

بخش نخست: جمع‌بندی مهمترین رهنمود‌های آیت‌الله بهجت قدس‌سره به‌همراه تحلیلی مختصر؛

بخش دوم: گفت‌وگو با فرزند گرامی آیت‌الله بهجت قدس‌سره، شیخ علی بهجت، درباره پدر بزرگوارشان که در مکه مکرمه صورت گرفته است؛

بخش سوم: متن یادداشت‌های حجت‌الاسلام ری‌شهری در طی سال‌های 1370 تا 1387؛

بخش چهارم: شرح حال مختصری از کسانی است که در متن کتاب از آنها یاد شده است.

کتاب زمزم عرفان در قطع وزیری و جلد گالینور در 570 صفحه به چاپ رسیده است.